Trabzon Üniversitesi İslâmî İlimler Uygulama ve Araştırma Merkezi, 2014 yılında Karadeniz Teknik Üniversitesi’ne bağlı olarak, 20.01.2014 tarihli 28888 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Karadeniz Teknik Üniversitesi İslami İlimler Uygulama ve Araştırma Merkezi Yönetmeliğinin Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe girmesi ile kurulmuştur.
18 Mayıs 2018 tarihli ve 30425 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 7141 sayılı kanunun 7. maddesi ile 2809 sayılı kanuna eklenen 188'inci Ek Madde ile Trabzon Üniversitesi kurulmuş ve Merkezimiz de 13.11.2018 tarihli ve 30594 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Trabzon Üniversitesi İslâmî İlimler Uygulama ve Araştırma Merkezi Yönetmeliğinin Resmi Gazete'de yayımlanması ile adı geçen üniversiteye bağlanmıştır. Kurulduğu tarihten itibaren, ilmî toplantılar, seminerler, konferanslar, dil kursları, sergiler düzenlemek gibi birçok faaliyete imza atan Merkezimiz çalışmalarını sürdürmektedir.